Het orgel van de Noorderkerk is in 1849 gebouwd door orgelbouwer H. Knipscheer en timmerman G. Nijhoff. Zij hebben het orgel rond de pilaar tegenover de preekstoel gebouwd, waarbij de dragende constructie in de onderliggende bank weggewerkt is. Hierdoor werd de diagonale opstelling in de kerk nog versterkt.
Het is het grootste orgel van de familie Knipscheer dat bewaard is gebleven. Het was vrij ouderwets bij oplevering, aangezien de Knipscheers zo werkten. We zien daarom al in 1877 een ingrijpende wijziging door Flaes & Brünjes waarbij het orgel een meer romantische klank kreeg.
In 1906 werd er een nieuwe wijziging doorgevoerd door Steenkuyl & Rekourt. Vanwege de bijzonder bouw speelde het orgel behoorlijk zwaar. Daarom werd de mechanische verbinding tussen de toetsen en de laden van het orgel vervangen door een pneumatische. In 1951 werden verdere wijzigingen doorgevoerd waarbij de klassieke balgeninstallatie werd omzeild en een strakke windvoorziening geleverd werd. Door alle deze ingrepen vormde het orgel in muzikaal en technisch opzicht geen eenheid meer.
In 2005 is als laatste stap in de restauratie van de Noorderkerk ook het orgel aangepakt. Hierbij is de mechanische overbrenging hersteld en de windvoorziening weer gereconstrueerd. Ook het pijpwerk is hersteld. Sindsdien is het orgel weer volledig in gebruik genomen voor de kerkdiensten en concerten.
